有仲裁协议的管辖权异议提出时间只能在仲裁庭第一次开庭之前提出。仲裁立法时，应当考虑在仲裁当事人双方之间尽量求得一种平衡，做到既可以保证当事人就管辖权提出异议的正当权利，又可以把提出管辖权异议所不可避免造成的程序拖延，降低到最低的适当的程度，保护另一方当事人的正当权利。
一、管辖权异议的审查与处理
受诉人民收到当事人提出的管辖权异议后，应当认真进行书面审查，必要时需召集双方当事人听证。对当事人所提出的管辖权异议，区别情况作出不同的处理：
1、当事人就地域管辖权提出异议。经审查，异议成立的，受诉依照我国《民事诉讼法》第三十八的规定，裁定将案件移送有管辖权的人民处理；异议不成立的，裁定驳回。当事人对裁定不服的，可以在裁定书送达之日起10日内向上一级人民提出上诉。当事人未提出上诉或者上诉被驳回的，受诉应通知双方当事人参加诉讼。当事人对管辖权问题申诉的，不影响受诉对该案件的审理。
2、当事人就级别管辖权提出异议。级别管辖是上下级之间就一审案件审理方面的分工。受诉审查后认为确无管辖权的，应将案件移送有管辖权的人民，并告知双方当事人，但不作裁定。受诉拒不移送，当事人向上级反映并就此提出异议的，如情况属实确有必要移送的，上级应当通知受诉将案件移送有管辖权的人民；对受诉拒不移送且作出实体判决的，上级应当以程序违法为由撤销受诉的判决，并将案件移送有管辖权的人民审理。
3、当事人在答辩期内以双方曾自愿达成书面仲裁协议应向仲裁机构申请仲裁为由提出管辖权异议，受诉应当依法进行审查。如果仲裁条款、仲裁协议有效，人民对该案无管辖权，当事人提出的异议成立，受诉依法应裁定驳回原告的起诉，告知当事人向仲裁机构申请仲裁；如果仲裁条款、仲裁协议无效、失效或者内容不明确无法执行的，只要符合我国《民事诉讼法》第一百零规定的受理条件，受诉就应裁定驳回对管辖权提出的异议。
二、有效的仲裁协议可以排除管辖权
充分尊重当事人的意思自治，如果事先约定了仲裁条款，内容符合法律规定，那么管辖权就会被排除。仲裁协议首先满足合同有效的要件，即双方意思表示真实，达成合意。其次，1、仲裁协议约定必须明确，不能出现如：可以选择某管辖，或仲裁字样。2、仲裁协议必须明确仲裁地点、仲裁机构、仲裁规则，至少根据协议内容能够推定以上三项。并且仲裁协议排除管辖，要在第一次开庭前提出管辖权异议，否则视为放弃仲裁协议，默认有管辖权。
三、管辖权异议的处理的流程是什么？
受诉收到当事人提出的管辖权异议后，应当认真进行书面审查，必要时需召集双方当事人听证。对当事人所提出的管辖权异议，区别情况作出不同的处理：
当事人就地域管辖权提出异议。经审查，异议成立的，受诉依照我国《民事诉讼法》第三十的规定，裁定将案件移送有管辖权的处理；异议不成立的，裁定驳回。当事人对裁定不服的，可以在裁定书送达之日起5日内向上一级提出上诉。当事人未提出上诉或者上诉被驳回的，受诉应通知双方当事人参加诉讼。当事人对管辖权问题申诉的，不影响受诉对该案件的审理。
当事人就级别管辖权提出异议。级别管辖是上下级之间就一审案件审理方面的分工。受诉审查后认为确无管辖权的，应将案件移送有管辖权的告知双方当事人，但不作裁定。受诉拒不移送，当事人向上级反映并就此提出异议的，如情况属实确有必要移送的，上级应当通知受诉将案件移送有管辖权的；对受诉拒不移送且作出实体判决的，上级应当以程序违法为由撤销受诉的判决，并将案件移送有管辖权的审理。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国仲裁法》
第四条当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第五条当事人达成仲裁协议，一方向人民起诉的，人民不予受理，但仲裁协议无效的除外。
