工资扣税申请退税的方法如下：
1、自行申请，可以通过个税App、税务网站或者到税务大厅自行办理。
（1）注册“个人所得税”软件。
（2）注册完成之后，回到登录界面，输入刚才注册的账号密码，点击登录即可。
（3）点击之后就可以查询到去年一年的个人缴纳税款信息，上面是收入，下面就是所缴纳的税金。
（4）查询出自己符合国家退税的收入之后，就可以申报退税了。
（5）提交成功之后等待结算。
2、委托公司的相关部门协助办理退税的手续。
3、委托专门的服务机构或者个人帮助办理。
法律依据：
《税收征收管理法》
第四条
法律、行规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。
纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
第五条
税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。
地方各级应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。
各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务。
税务机关依法执行职务，任何单位和个人不得阻挠。
